حواشی روزهای پایانی دولت دوازدهم به سازمان برنامه و بودجه و مرکز پژوهش‌های آن رسید تا جایی که رئیس مرکز پژوهش‌ها چند روز مانده به پایان دولت عزل شد و افرادی مانند داماد رئیس جمهور و امثال او عضو هیات علمی آن شدند.