دهه هشتاد در ایران، با توجه ویژه به لزوم مبارزه با فساد اقتصادی آغاز شد. قدم اول در این راه را رهبری با صدور فرمان هشت ماده‌ای مبارزه با فساد خطاب به سران سه قوه برداشتند. در این پیام که ۱۰ اردیبهشت سال ۱۳۸۰ صادر شد، آمده است: خشکانیدن ریشه‌ی فساد مالی و اقتصادی و عمل قاطع و گره‌گشا در این باره، مستلزم اقدام همه‌جانبه به‌وسیله‌ی قوای سه‌گانه مخصوصاً دو قوه‌ی مجریه و قضاییه است. قوه‌ی مجریه با نظارتی سازمان‌یافته و دقیق و بی‌اغماض، از بروز و رشد فساد مالی در دستگاه‌ها پیشگیری کند، و قوه‌ی قضاییه با استفاده از کارشناسان و قضات قاطع و پاکدامن، مجرم و خائن و عناصر آلوده را از سر راه تعالی کشور بردارد. بدیهی است که نقش قوه‌ی مقننه در وضع قوانین که موجب تسهیل راهکارهای قانونی است و نیز در ایفاء وظیفه‌ی نظارت، بسیار مهم و کارساز است.
رهبری همچنین در بند آخر این فرمان با اشاره به این امر که این مسئله مهم و حیاتی نباید بگونه‌ی شعاری و تبلیغاتی و تظاهرگونه مطرح شود تاکید کردند: بجای تبلیغات باید آثار و برکات عمل، مشهود گردد. به دست‌اندرکاران این مهم تاکید کنید که بجای پرداختن به ریشه‌ها و ام‌الفسادها به سراغ ضعفا و خطاهای کوچک نروند و نقاط اصلی را رها نکنند. هرگونه اطلاع‌رسانی به افکار عمومی که البته در جای خود لازم است، باید بدور از اظهارات نسنجیده و تبلیغات‌گونه بوده و حفظ آرامش و اطمینان افکار عمومی را در نظر داشته باشد.
کمیسیون اصل ۹۰ و ماموریت‌ها
با توجه به فضای شکل‌گرفته در سطح جامعه و نخبگان بعد از پیام رهبری، مجلس هفتم هم که در سال ۸۲ فعالیت خود را آغاز کرد کوشید کمیسیون اصل ۹۰ را که یکی از بازوهای مهم نظارتی و از ابزارهای مهم برای مبارزه با فساد است، فعال‌تر کند. در این زمینه مجلس هفتم کمیته ویژه مبارزه با مفاسد اقتصادی را در کمیسیون اصل ۹۰ ایجاد کرد تا به صورت تخصصی به مسئله مبارزه با فساد در قوای سه‌گانه کشور بپردازد.
اصل نودم قانون اساسی رسیدگی به شکایات واصله از «طرز کار» مجلس، قوای مجریه و قضاییه را به عهده مجلس گذاشته است؛ بنابراین مجلس حق نظارت بر طرز کار خود و قوای دیگر را دارد، باید به شکایات وارده در این زمینه رسیدگی کند و در هر مورد که مربوط به «عموم» باشد گزارش کار خود را به اطلاع عامه برساند. طبعاً در کلیه مواردی که به تضییع حقوق­ بیت­‌المال یا اشخاص حقیقی و حقوقی منجر می‌­شود حسب مورد پرونده را به قوه قضائیه یا مراجع ذی­ربط ارسال کند تا مقررات قانونی اعمال شود.
مطابق با این اصل، مجلس شورای اسلامی آیین نامه طرز تشکیل و عملکرد کمیسیون اصل ۹۰ را مصوب کرد که آخرین اصلاحیه این آیین‌نامه در ۳۲ ماده و ۱۲ تبصره در تاریخ ۳/۶/۸۸ به اتفاق آراء به تصویب مجلس رسید. بر اساس ماده یک این آیین نامه وظایف و اختیارات قانونی  کمیسیون اصل ۹۰ سامان دادن و کارآمد­سازی مجلس و نمایندگان، رسیدگی به طرز کار مجلس، قوه مجریه، قوه قضاییه و مسئولان آن‌ها و نیز رسیدگی به شکایات مربوطه، مطالبه پاسخ آن‌ها از قوای مذکور، اعلام نتیجه رسیدگی‌ها و مطلع کردن عامه مردم در مواردی که موضوع مربوط به عموم باشد، است.
اعزام بازرس یا بازرسان جهت انجام تحقیق و بررسی شکایات وارده و لزوم همکاری مسئولان ذی ربط با آنان ، اعلام تخلف مسئولان دستگاه‌ها (در طرز کار خود) به مراجع صالحه قضایی برای رسیدگی خارج از نوبت، اقدام قانونی نسبت به گزارش نهایی تحقیق و تفحص­‌های واصله از کمیسیون‌­های تخصصی، ارائه گزارش‌هایی که مربوط به عموم باشد به هیات رئیسه مجلس و قرائت آن در جلسه علنی مجلس، تقاضای انجام بازرسی فوق­ العاده از سازمان بازرسی کل کشور از دیگر وظایف این کمیسیون است.
سازوکارهای اصل ۹۰
ماده ۲ به تعداد اعضای کمیسیون پرداخته است. بر اساس این ماده کمیسیون اصل ۹۰ دارای ۸ عضو دائم و ۱۳ عضو دیگر است که طبق ماده ۳۲ آیین نامه داخلی مجلس شورای اسلامی انتخاب می‌شوند. طبق ماده ۳ کمیسیون اصل نود دارای دو واحد می‌­باشد: واحد رسیدگی به طرزکارها و شکایات واصله که اعضای آن را نمایندگان عضو، مشاورین و کارشناسان کمیسیون تشکیل می‌­دهند، و همچنین واحد دفتر برای اداره امور اجرائی که اعضاء آن‌را کارمندان مجلس تشکیل می‌­دهند.
در خود کمیته اصل ۹۰ حوزه رسیدگی به طرز کار قوای سه‌گانه به صورت مستقل از هم تشکیل می‌شود. بخش رسیدگی به طرز کار قوه مجریه دارای کمیته فرهنگی، کمیته اقتصادی، کمیته سیاسی و نظامی، کمیته اجتماعی و کمیته فنی و عمرانی است. حوزه رسیدگی به طرز کار قوه قضاییه و شکایات مربوطه و حوزه رسیدگی به طرزکار مجلس نیز به صورت جداگانه فعالیت می‌کنند.
طبق ماده ۱۰ کلیه نامه‌ها، گزارش‌ها و شکایات واصله توسط اداره کل دفتر اجرایی کمیسیون ثبت، بررسی و خلاصه آن با پیشنهاد مشخص حداکثر ظرف مدت یک هفته به مسئول ارجاعات کمیسیون منعکس می‌­شود تا مورد بررسی قرار گیرد. در ماده ۱۶ اشاره می شود که هیچ پرونده‌­ای نباید بیش از چهار ماه در کمیته بماند مگر آنکه رئیس کمیته ادله کافی این امر را به هیات رئیسه کمیسیون ارائه کند.
طبق این آیین‌نامه اگر دستگاه‌های ذی ربط حداکثر تا یک ماه از تاریخ دریافت نامه کمیسیون در اعلام پاسخ تعلل کنند یا پاسخ قانع کننده‌­ای ارائه نکنند رئیس کمیته مربوطه باید پس از یکبار پیگیری و عدم وصول پاسخ، گزارش­­‌آن را ­به هیات رئیسه کمیسیون ­ارائه­ کند تا تصمیم ­مقتضی اتخاذ شود. در واقع طبق این بخش، همه نهادها موظف به پاسخگویی به کمیسیون اصل ۹۰ هستند.
سازوکار دقیقی در کمیسیون اصل ۹۰ برای بررسی حوزه‌های مختلف تشکیل شده است. در این زمینه بعد از مسکوت ماندن کمیته مبارزه با مفساد اقتصادی کمیسیون اصل ۹۰ در مجلس هفتم، دوباره این کمیته در مجلس نهم فعال شد تا به صورت تخصصی وظایف کمیسیون در زمینه جلوگیری از فساد را پیگیری کند. «علی پورمختار » رئیس وقت کمیسیون اصل ۹۰ مجلس شورای اسلامی در سال ۹۳ از تشکیل کارگروه ویژه بررسی فساد اقتصادی در کمیسیون اصل ۹۰ خبر داد. او تشکیل این کمیته را در راستای اجرای منویات مقام معظم رهبری و تاکیدات ایشان نسبت به لزوم افزایش نظارت مجلس برای جلوگیری از فساد اداری و اقتصادی دانسته است.
روند رو به رشد فساد اداری و اقتصادی و همچنین افزایش پرونده‌هایی که به مرحله نهایی رسیدگی نمی‌رسند نشان می‌دهد کمیسوین اصل ۹۰ با وجود دارا بودن ظرفیت قانونی و سازوکارهای تعریف شده دقیق، همچنان در امر عمل به وظایف خود در زمینه مبارزه با فساد موفق عمل نکرده است. شکل‌گیری ارتباطات ناصواب بین برخی نمایندگان و نهادهای ذیل وظایف کمیسیون اصل ۹۰ یکی از دلایل این عدم موفقیت از نگاه ناظران محسوب می‌شود.