در اقدامی بی سابقه سحرگاه امروز پیکر مطهر حضرت آیت الله مصباح یزدی به بیت رهبری منتقل شده و رهبر انقلاب با حضور در کنار پیکر آیتالله مصباح یزدی، ضمن قرائت نماز و فاتحه با آن برادر قدیمی و حکیم مجاهد وداع کردند.
حضرت آیتالله خامنهای در پیامی بهمناسبت ارتحال علامه مصباح یزدی تصریح فرمودند: خدمات ایشان در تولید اندیشه دینی و نگارش کتب راهگشا، و در تربیت شاگردان ممتاز اثرگذار، و در حضور انقلابی در همه میدانهایی که احساس نیاز به حضور ایشان می شد، حقاً و انصافاً کمنظیر است.